En mi caso, yo acabo de certificarme como MCITP en Windows 2008.
Hice la carrera en Universidad IT (www.universidadit.com.ar).
De universidad no tiene nada, pero la verdad que las clases fueron buenísimas y es el más barato (dejando Central Tech de lado que no te lo recomeindo y lo digo por experiencia).
Es como dijeron antes... todo depende del instructor que te toque.
Me certifiqué como CCNA hace más de 4 años y a mi parecer, hoy tiene bastante más peso el MCITP.
Es más dificil pero se paga mejor.
Obviamente que sería ideal que puedas obtener ambas certificaciones (se complementan perfectamente), pero te recomiendo que arranques por MCTS ó MCITP en Windows 2008, que hay trabajo para tirar para arriba.
Saludos!